สองปีนับตั้งแต่การแตกคอกันในทีม ซึ่งมีผลให้บริษัทสืบสวนอาชญากรรม Mystery Inc. ต้องปิดตัวลง สกูบี้ดูและผองเพื่อนร่วมทีม เฟรด เฟรดดี้ ปรินซ์ จูเนียร์ แดฟเน่ ซาร่าห์ มิเชล เกลลาร์ แช็คกี้ แม็ทธิว ลิลลาร์ด และ เวลม่า ลินดา คาร์เดลลินี่ แต่ละคนถูกเรียกตัวมายังเกาะผีสิง เพื่อตรวจสอบ